Vnitřní výzdoba ukrývá nádherný strop pokrytý mozaikami, které vytvořily benátští řemeslníci v 13. století. Najdete zde i náhrobek Jana XXII., Který vyrobil Donatello a Michelozzo. Ohromí vás i mramorová dlažba s obrysy původní osmistránková křtitelnice.
Výzdobě dominuje obložení z barevného mramoru, což je typické pro toskánské stavby v románském stylu. Obdivovat můžete velmi krásné umělecky vytvořeny vstupní dveře, na kterých 6 let pracoval Andrea Pisano. Tyto dveře jsou ozdobené 28 výplněmi se scénami ze života sv. Jana Křtitele.
Severní dveře, které vytvořil Lorenzo Ghiberti, jsou dveře také s 28 výplněmi, na kterých jsou znázorněny epizody ze života Ježíše Krista, evangelistů a církevních učitelů. Ghiberti na těchto dveřích pracoval neuvěřitelných 21 let. Díla Andrea Pisana však nepřekonal.
Na východní straně babtistéria jsou takzvaně Rajské dveře, které vytvořil Ghiberti a pracoval na nich 27 let. Na deseti výplních jsou zobrazeny scény ze Starého zákona. V tomto případě se jedná o kopii. Originály můžete vidět v muzeu Museo dell' Opera del Duomo.
